O Conselho Geral é o órgão a que compete administrar as atividades do Instituto em todos os assuntos que não sejam da competência de outros órgãos, assegurando o seu regular funcionamento.
a. O Conselho Geral tem a seguinte composição:
1) Membro do Governo responsável pela área da defesa, que preside;
2) Membro do Governo responsável pela área da segurança, ou legítimo representante;
3) Membro do Governo responsável pela área do ensino superior, ou legítimo representante;
4) Chefe de Estado-Maior General das Forças Armadas, ou legítimo representante;
5) Comandante-Geral da Polícia Nacional de Timor-Leste, ou legítimo representante;
6) Diretor executivo do ANAAA ou legítimo representante;
7) Diretor do IUDN;
8) Subdiretor do IUDN;
9) Três (3) vogais, individualidades sem vínculo ao IUDN, com competências no âmbito do ensino superior militar ou policial e de reconhecido mérito e experiência profissional em matéria de segurança e de defesa, reconhecidas nos meios militares, policiais, religiosos, no setor privado e nas ordens profissionais;
10) Um representante nomeado de entre os professores militares efetivos;
11) Um representante nomeado de entre os professores militares na carreira;
12) Um representante nomeado de entre os restantes docentes e investigadores que sejam titulares do grau de doutor, qualquer que seja o vínculo ao IUDN;
m) Um representante nomeado de entre os auditores e alunos.
b. A composição do Conselho Geral é sempre em número ímpar.
c. Podem participar como observadores nas reuniões, sem direito a voto, outras entidades que o Conselho Geral do Instituto entenda por conveniente convidar.
d. Os vogais referidos na alínea i) do n.º 1 do presente artigo são nomeados por despacho do membro do Governo responsável pela área da defesa, sob proposta do Diretor, ouvido o Chefe do Estado-Maior General das Forças Armadas, ao nível de reconhecido prestígio nacional, com experiência nas Forças Armadas, corpo docente universitário e Serviços de Segurança, corpo diplomático, magistratura, das Forças e Serviços de Segurança nacional, com experiência relevante em matéria de segurança e defesa nacional.
e. Os membros referidos nas alíneas j), k), l) e m) do presente artigo são escolhidos entre os seus pares e nomeados por despacho do membro do Governo responsável pela área da defesa.
f. Em regra, com exceção do representante nomeado de entre os auditores e alunos, o mandato dos membros do Conselho Geral é de três anos, renovável por uma vez.